为理顺和完善药品监督管理体制，促进医药事业健康发展，根据《国务院批转国家药品监督管理局药品监督管理体制改革方案的通知》和《山东省药品监督管理体制改革实施方案》要求，经邹城市委、市政府批准，邹城市药品监督管理局于2002年4月12日正式成立。
        2004年，根据省机构编制委员会《关于印发山东省市、县级食品药品监督管理局机构改革的实施意见》（鲁编[2004]19号）精神，11月24日我市在原药品监督管理局的基础上成立食品药品监督管理局，在继续承担药品、医疗器械监管职能的基础上，增加食品、保健品、化妆品安全管理的综合监督、组织协调和依法组织开展查处重大事故的职能。主要职责是：
1、贯彻执行国家和省、济宁市食品、保健品、化妆品管理的法律、法规和行政规章等方针、政策。组织有关部门制定我市食品、保健品、化妆品安全管理的综合监督政策和工作规划并监督实施。
2、依法行使食品、保健品、化妆品的安全管理的综合监督职责，组织协调有关部门承担的食品、保健品、化妆品安全监督工作。
3、组织开展对食品、保健品、化妆品的重大安全事故的查处；配合有关部门开展食品、保健品、化妆品安全重大事故应急救援工作。
4、贯彻执行并监督实施国家、省、济宁市药品监督管理工作的方针、政策和法律、法规、规章。
5、依法监督管理药品研制、生产、经营、使用和医疗机构制剂，监督实施处方药、非处方药分类管理制度。依法监管麻醉药品、精神药品、毒性药品、放射性药品和特种药械。对开办药品零售企业进行初审上报。
6、监督抽查药品生产、经营、使用单位的药品质量，监管药品流通市场和中药材集贸市场，依法查处制售假、劣药品和违法生产、经营、使用药品的行为和责任人。
7、监督实施《医疗器械监督管理条例》，依法查处违法生产、经营、使用医疗器械的行为和责任人。
8、监督实施执业药师资格制度。监督药品、保健品、医疗器械广告。组织药品、保健品直接接触人员的健康检查工作。
9、负责食品药品监督管理法规政策的宣传教育工作。
10、承办上级食品药品监督管理局和市委、市政府交办的其它事项。